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CABGen: Risorse Computazionali

 



E' stato implementato un sistema di calcolo ad alte prestazioni costituito, nella sua parte hardware, da un cluster IBM con sei nodi, ognuno dei quali caratterizzato da due processori IntelXeon a 4 core e con capacità di memoria di 42 Gigabyte. Ogni nodo è inoltre dotato di due dischi a stato solido da 50 Gigabyte. Questo cluster viene gestito da un front-end IBM X3650 M3 con due CPU IntelXeon da 4 core, 36 Gigabyte di memoria, due dischi da 250 Gigabyte e comunica con il cluster attraverso due switch con connessioni da 10 Gigabit. Per quanto riguarda la gestione dei dati questo cluster ha in dotazione un sistema RAID 5 costituito da 8 dischi da un Terabyte, per una capacità utente di 5.6 Terabyte. E’ presente inoltre una unità di backup adeguata al sistema.

Per quanto riguarda la parte software, il cluster è gestito con il sistema operativo Linux oriented: CentOS vers. 5.5. Tale sistema operativo è stato configurato e ottimizzato per utilizzare il calcolo parallelo, in particolare MPI. I job vengono sottomessi al sistema attraverso il software PBS che permette all’utente di scegliere quanti core allocarsi al suo lavoro. Inoltre il sistema RAID 5 è visto via “Network File System” sia dal front-end che da tutti i nodi del cluster. Il sistema di calcolo è stato integrato all’interno della rete dell’Istituto di Genetica Molecolare in modo che ogni utente possa usare la propria stazione di lavoro per redigere i programmi e sottometterli poi per l’esecuzioni sul cluster. Il cluster inoltre può essere raggiunto dall’esterno, previ accordi con il responsabile per la sicurezza degli accessi alla rete.

Per poter ospitare e mantenere la struttura hardware acquisita è stata  allestita un’apposita sala CED con un adeguato cablaggio, un impianto elettrico dimensionato e ridondato, un gruppo di continuità collegato al generatore di emergenza, un condizionatore per il mantenimento di una temperatura costante e un controllo degli accessi.

La scelta di questa specifica architettura computazionale, adeguata ai tipi di studi che dovranno essere condotti, è stata realizzata grazia alla consulenza ed al supporto dei ricercatori dell’IMATI-CNR.

 


 

L'infrastruttura informatica è stata acquisita grazie al contributo di:





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