Roberta Alfieri

Istituto di Genetica Molecolare “Luigi Luca Cavalli-Sforza”
Via Abbiategrasso, 207 – 27100 PAVIA
tel: +39 0382 546362
fax: +39 0382 546370
E-mail: roberta.alfieri@igm.cnr.it

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Attività di ricerca

Analisi di dati provenienti da tecnologie di sequenziamento di ultima generazione  (NGS), come RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C, mediante lo sviluppo di procedure di analisi bioinformatiche automatizzate.
Sviluppo di piattaforme di cloud computing per analisi bioinformatiche.
Caratterizzazione funzionale di geni, trascritti e RNA non codificanti (lncRNA) in diversi contesti biologici utilizzando diversi approcci tra cui analisi di co-espressione e reti di interazioni geniche.
Sviluppo di metodi bioinformatici per lo studio dei lncRNA nelle patologie umane.
Analisi statistica di dati biologici.

  

Progetti di Ricerca

  • Sviluppo di metodologie bioinformatiche per la caratterizzazione delle inserzioni lentivirali e l’analisi differenziale dell’impatto dell’inserzione lentivirale sulla conformazione tridimensionale del genoma dell’ospite utilizzando dati provenienti da metodologia Hi-C (High-throughput chromosome conformation capture) in collaborazione con SAN RAFFAELE TELETHON INSTITUTE FOR GENE THERAPY (TIGET), Milano, gruppo “Safety of gene therapy and insertional mutagenesis Unit” diretto dal Dr. Montini.

  • Analisi bioinformatiche su dati NGS (RNA-seq, ATAC seq e loro integrazione) per la caratterizzazione della ematopoiesi clonale associata a leucemia mieloide acuta in collaborazione con Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School Center for Regenerative Medicine, Laboratory of David Scadden. Boston (USA).

  • Sviluppo di nuove pipeline di analisi bioinformatiche e gestione di dati NGS e per l’integrazione di esperimenti multi-omici (ad esempio integrazione tra RNA-seq e ATAC-seq-ChIP-seq, Hi-C).


Pubblicazioni Recenti

2019

Alfieri R; Vassalli M; Viti F

Flow-induced mechano transduction in skeletal cells. Journal Article

In: Biophysical reviews, 11 (5), pp. 729-743, 2019.

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Belloni E; Di Matteo A; Pradella D; Vacca M; Wyatt CDR; Alfieri R; Maffia A; Sabbioneda S; Ghigna C

Gene Expression Profiles Controlled by the Alternative Splicing Factor Nova2 in Endothelial Cells. Journal Article

In: Cells, 8 (12), pp. pii: E1498, 2019.

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